বর্তমানে বাংলাদেশে মাদ্রাসা শিক্ষার দু’টি ধারা চলছে। ফলে দেশের সমস্ত মাদ্রাসা দু’টি শ্রেণীতে বিভক্ত। এক শ্রেণীর মাদ্রাসা সরকার কর্তৃক পরিচালিত বাংলাদেশ মাদ্রাসা শিক্ষাবোর্ড-এর তত্ত্বাবধানে চলছে। এ মাদ্রাসাগুলো সরকারী পাঠ্যসূচী অনুসরণ করে এবং সরকারী অনুমোদন ও সরকারী সাহায্যে পরিচালিত হয়ে থাকে। অপর শ্রেণীর মাদ্রাসাসমূহ দ্বীনী শিক্ষা অব্যাহত রাখার লক্ষ্যে নিজস্ব বলিষ্ঠ পাঠ্যসূচী ও কর্মসূচী অনুসরণে কর্মক্ষেত্রে এগিয়ে চলছে। এ মাদ্রাসাগুলো আমাদের দেশে “কাওমী মাদ্রাসা” নামে পরিচিত। এ কাওমী মাদ্রাসাগুলোকে সুষ্ঠুভাবে পরিচালনা, এগুলোর তত্ত্বাবধান এবং পাঠ্যসূচীসহ বিভিন্ন কর্মসূচীর ক্ষেত্রে এগুলোর মাঝে সামঞ্জস্য ও ঐক্য বহাল রাখার লক্ষ্যে বিগত ১৩৭৯ হিজরী মোতাবেক ১৯৫৯ ইংরেজী সনে ‘আল-জামিয়া আল-ইসলামিয়া পটিয়া, চট্টগ্রাম’-এর প্রতিষ্ঠাতা হযরত মুফতি আজীজুল হক (রহ.) এর উদ্যোগে প্রতিষ্ঠিত হয় ‘আঞ্জুমানে ইত্তেহাদুল মদারিস (কাওমী মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড), বাংলাদেশ’। তখন থেকে কাওমী মাদ্রাসা শিক্ষার ক্ষেত্রে শুরু হয় বিরাট আলোড়ন। প্রতিষ্ঠা লগ্ন থেকে এ যাবৎ শত শত মাদ্রাসা এই আঞ্জুমানের অধীনে পরিচালিত হয়ে আসছে। অত্র আঞ্জুমানের পরিচালনাধীন মাদ্রাসাগুলোর পাঠ্যসূচী প্রণয়ন, কেন্দ্রীয় পরীক্ষা গ্রহণ ও সনদ প্রদান, এগুলোর জন্য পরিচালনা পরিষদ গঠন, বার্ষিক আয়-ব্যয়ের হিসাব-নিকাশ নিরীক্ষণ, পরিচালক ও শিক্ষক-কর্মচারীদের নিয়োগ-নিয়ন্ত্রণ, শিক্ষক-কর্মচারীদের প্রশিক্ষণ, শিক্ষা-দীক্ষা ও প্রশাসনিক কার্যক্রমের বার্ষিক পরিদর্শন এবং জরুরী অবস্থায় এগুলোর আর্থিক সাহায্যসহ মাদ্রাসাগুলোর সর্বপ্রকার তত্ত্বাবধান ও নিয়ন্ত্রণ অত্র আঞ্জুমান করে আসছে।